A Assembleia Legislativa possui um órgão responsável por coordenar todo o sistema de controle Interno da Casa. A Diretoria de Controle Interno trabalha com independência na instituição e preza pela transparência nas ações, prevenção de irregularidades e combate à corrupção dentro das estruturas da Ales.

Entre as suas atividades está o acompanhamento da execução do orçamento destinado à Assembleia e do limite constitucional previsto na Lei de Responsabilidade Fiscal (LRF). Ele também emite parecer conclusivo sobre as contas anuais prestadas pelo chefe do Legislativo.

A criação do Controle Interno nos poderes e instituições do Estado foi uma exigência da Lei 9.938/2012. Na Assembleia, sua estrutura é composta pelas supervisões de Planejamento e Controle Prévio e de Auditoria Interna, estabelecidas pela Lei 10.383/2015.